Mikrobiomy komářích hostitelů: metodologická revize dosavadní praxe s využítím amplikonového sekvenování na Illumina platformách
Abstrakt
Zástupci dvoukřídlého hmyzu patřící do čeledi komárovitých (Culicidae) jsou častí vektoři patogenů, které mohou u lidí vyvolat smrtelné nemoci. Jejich vektorová kapacita úzce souvisí se složením jejich mikrobiomu. Bakteriální komunity jsou buď děděny od rodičů, nebo jsou získávány z prostředí. Tato práce se zabývá metodologickou revizí dosavadní praxe s využitím amplikonové sekvenace na Illumina platformách. V této práci je porovnáván vliv použití odlišných prezervačních přístupů na profil mikrobiomu komárů. Dále je v této práci determinován biologický templát vhodný pro realistický popis střevního mikrobiomu komárů a posuzován vliv poolování vzorků (klasický epidemiologický přístup analýzy) na výsledný profil mikrobiomu.