Sekvenční analýza genomů viru KE, kmen Hypr, v různých pasážích v hostiteli <i>in vivo</i>.

Abstract

Srovnávala jsem genomové sekvence tří variant klíšťové encefalitidy, kmene Hypr. Konkrétně to byly: Hypr5 - pětkrát pasážovaný virus na mozcích sajících myšek, Hypr50/V - varianty vysocepasážovaná v laboratoři ve Vídni in vivo a Hypr50/CB - vysocepasážovaná varianta v laboratoři v Českých Budějovicích in vivo. Obě vysoce pasážované varianty byly také pasážované v mozcích myší. Zaměřila jsem se na změny nukletidových sekvencí ve vysocepasážovaných variantách Hypr50/CB a Hypr50/V v porovnání s variantou Hypr5 a z nich vyplývající změny aminokyselinových sekvencí ve virových proteinech. Zaznamenala jsem několik změn identických pro obě vysocepasážované varianty a to v proteinech E, NS3 a NS5 a několik unikátních změn jen v jedné z variant v proteinech E, NS1, NS2A, NS2B a NS3. Nukleotidová substituce byla taktéž nalezena v 5'UTR oblasti virového genomu.